Пустомитівський відділ у своїй діяльності керується Конституцією України, законами України, актами Кабінету Міністрів України, Верховної Ради України, Президента України, наказами Міністерства аграрної політики та продовольства України, Держпродспоживслужби, Головного управління Держпродспоживслужби у Львівській області, правилами внутрішнього трудового розпорядку, колективним договором, правилами і стандартами документаційного забезпечення лабораторії, наказами директора, Положенням про лабораторію. Відділ акредитований Національнимагентством з акредитації України, який є повним членом ILAC – міжнародної організації зі співробітництва в галузі акредитації лабораторій, відповідно до до стандарту ДСТУ EN ISO/IEC 17025:2019 .
Одним з основних завдань роботи відділу є:
- Проведення мікробіологічних досліджень сирого молока для цілей державного контролю на базі інформаційно-комунікаційної програми Молочний Модуль (визначення кількості мезофільних аеробних і факультативно-анаеробних мікроорганізмів та підрахунок соматичних клітин);
- Проведення бактеріологічних досліджень патологічного/біологічного матеріалу на інфекційні захворювання тварин, птиці, бджіл бактерійної етіології (виявлення збудників сальмонельозу, лістеріозу, ешерихіозів (колібактеріозу), сибірки, американського гнильцю,європейського гнильцю), проведення санітарно-гігієнічних досліджень (змиви з тваринницьких приміщень на БГКП та стафілокок);
- Проведення вірусологічних досліджень- визначення антитіл до хвороби Ньюкасла (РЗГА);
- Проведення серологічних досліджень - визначення наявності специфічних антитіл до вірусу лейкозу ВРХ (РІД), лептоспірозних антитіл (РМА), бруцельозу в сироватці крові методом РА, РБП, РЗК, збудника сапу коней;
- Забезпечення достовірності, об’єктивності та необхідної точності результатів досліджень;
- Дотримання встановленого порядку та термінів проведення досліджень;
- Спеціалісти відділу провідні лікарі ветеринарної медицини,фахівці проходять підвищення кваліфікації з періодичністю встановленою Законом України, постійно удосконалюють свій фах приймаючи участь у семінарах;
- Взяття участі у міжлабораторних порівняльних раундах та «ВЕТ – ТЕСТ» ;
- Підтримування сталої лабораторної практики;
- Забезпечення функціонування розробленої у лабораторії Системи Управління.
Для виконання поставлених завдань використовуються нові сучасні міжнародні та вітчизняні методики. Відділ забезпечений сучасним лабораторним обладнанням. Для дослідження сирого молока за підтримки україно-шайвейцарської програми “Розвиток торгівлі з вищою доданою вартістю в органічному та молочному секторах України” Quality FOOD Trade Program було надано таке обладнання , як: лічильник соматичних клітин аналізатор LACTOSCAN SCC , змішувач Mini Vortex , Шейкер Dilugent, а також Інкубатор-термостат Milkotester.

